Sjöfartsverket belägger handelssjöfarten med lots- och farledsavgifter. Intäkterna från dessa avgifter utgör en viktig del av verkets finansiering samtidigt som avgifternas används för att uppnå olika politiska mål. Projektet har tagit fram rekommendationer till en justerad intäktsneutral avgiftsmodell och tar till december 2023 fram en ny avgiftsmodell som är förankrad i ekonomisk teori avseende styrmedel och prissättning och kräver inte intäktsneutralitet för Sjöfartsverket. Abstractet avser den sistnämnda modellen. Utgångspunkten är att de föreslagna lots- och farledsavgifterna ska täcka de operativa och externa kostnader som handelssjöfarten ger upphov till och att det inte finns ytterligare avgifter, frekvensrabatter eller miljöindex. Projektet undersöker i vilken grad olika modellutformningar kan bygga på principerna ”användaren betalar” och ”förorenaren betalar”.
För att förstå vilka konsekvenser olika modeller skulle få på trafik, beteende, miljö och intäkter analyseras effekterna på trafikmängder, fartygstyper och miljöåtgärder. Samtliga kostnader och nyttor anges per år. Vidare studeras fördelningseffekter på de berörda aktörerna handelssjöfarten, Sjöfartsverket, staten, EU, övrigt samhälle. Borttagningen av beredskaps-, gods- och passageraravgifterna samt frekvensrabatterna i dagens avgiftsmodell leder till lägre avgifter for samtliga fartyg förutom kryssningsfartyg och färjor. Borttagningen av Clean Shipping index innebär högre avgifter för runt 100 fartyg i olika segment.
Handelssjöfarten täcker via lotsavgifter 93 % av kostnaderna för att tillhandahålla lotstjänster; en stor del av underskottet förklaras av rabatterna i Mälaren och Vänern. Handelssjöfarten i hela landet betalar via farledsavgifter för kostnaderna för att tillhandahålla isbrytarassistanser. I säsongen 2018/2019 mottag endast 118 fartyg assistanser. En konsekvent tillämpning av ”användaren betalar”- principen skulle i princip höja avgifterna norr om Gävle och sänka avgifterna i övriga landet. Alternativa modellutformningar analyseras där staten konsekvent täcker delar av kostnaderna för isbrytning, vilket regeringen tidigare planerat för. Enligt ”förorenaren betalar”-principen ska handelssjöfarten betala för sina icke internaliserade externa kostnader.